هناك صعوبات كثيرة تعيق دور الأخصائي الاجتماعي في المجال المدرسي ونذكر منها:
1. قصور في الإمكانيات المادية المتاحة للأخصائي الاجتماعي لمساعدة عملائه من الطلاب من ذوي الحاجة.
2. موقف كثير من نظار المدارس الذين يرون أنه لا داعي لوجود الأخصائي الاجتماعي بالمدرسة أما اذا وجد فيمكن استغلاله لسد النقص في مدرسي بعض المواد كما أن موقف كثير من المدرسين لا يزيد عن ذلك حيث يرون أنه موظف حر غير مقيد بجدول حصص.
3. عدم شعور الأخصائيون الاجتماعيون بالتقدير لما يبذلونه من عمل شاق في المدرسة مما يؤدي إلى أن يفتر حماسهم للعمل واستسلام بعضهم لأدوار متواضعة لهم في المدرسة.
4. جمود كثير من الأخصائيين الاجتماعيين وتمسكهم بالأساليب البالية للعمل مع الحالات الفردية.
5. قلة وعي الطلاب والآباء بدور الأخصائي الاجتماعي.
كتاب: وقفة مع الخدمة الاجتماعية ، د. ماجدة بهاء الدين السيد عبيد